■1 残業単価の計算式（月給制の場合）
基本給や諸手当（通勤手当等の法令で限定された手当は除外可）を分子に、月平均の所定労働時間「（１年間の歴日数―所定休日数）×１日の所定労働時間÷１２か月」を分母にし、算出します。
■2 では、欠勤常習犯は？
完全月給制（遅刻しようが欠勤しようが賃金控除しない）ではなく、就業規則にノーワークノーペイの賃金控除する旨を規定している「月給制」が一般的です。
ですので、所定労働日の1/3を欠勤するような凄い常習犯なら、基本給なども1/3減ることになります。
ここで、私だけかもしれませんが、疑問がわきます。
この欠勤常習犯の残業単価の計算式において、分子は、1/3欠勤控除後の金額なのか、それとも違うのか、という点です。
この論点についてご質問をいただいたことがないものですから、調べてみました。
■3 リサーチの結果
私の疑問に対する、明確な法令上の文言は見当たりませんでした。
労働基準法施行規則第19条に「月によって定められた賃金については、その金額を月における所定労働時間数（月によって所定労働時間数が異る場合には、一年間における一月平均所定労働時間数）で除した金額」とあり、上記■１の規定だけはあります。
これ以上の規定はなく、欠勤者の取り扱いについての具体的文言はないのです。
■4 行政解釈は？
結論としては、欠勤常習犯の残業単価も、無遅刻無欠勤者の残業単価も、その計算方法は同じ、ということでした。
行政解釈としては、「欠勤控除した金額で残業単価を出してはダメですよ、根拠は労働基準法施行規則第19条ですよ、もし控除した金額で計算した残業代しか払っていなければ労基法違反になりますよ」とのことです。
■5 極端なお話し
「１か月間で１日だけ出勤し９時間の実労働、その他は無断欠勤で退職」した場合、残業単価は無遅刻無欠勤者と同じように計算し、少なくとも１時間分の残業代を支払わないと、労基法違反ということになる…。
なんとも…という感じですが…。
仕事のできる人とできない人の残業単価が同じであるのと同様、遅刻者、欠勤者であっても、残業単価の算出は同じになってしまいます。
余談ですが、皆勤手当や無事故手当が支給されない月の残業単価はどうなるのか？といいますと、当該手当不支給の場合は当該月の残業単価がさがっても問題ないというのが私の見解です。
※これらの手当は、確実に支払われる手当ではなく、条件を満たしたときに初めて支払われるものであることからしますと、支払われたときは残業単価に入れ、支払われないときは残業単価に入れないという考え方が妥当だと思います。
■6 ちなみに、なぜ労働時間は１分単位か？
こちらは、更にと言っていいかもしれませんが、法令上の根拠規定はありません。
近しいところで、割増賃金の計算において端数処理をする場合、「その月の残業時間の３０分未満は切り捨て、３０分以上は切り上げでもいいですよ」という通達レベルの文言があるにすぎません。
労基法では労働時間を１分単位でみる、という根拠条文はないのですが、実労働時間主義を労基法はとっていますので、「１分単位です」ということになります。
大手ファミリーレストランが、これまで５分単位で計算していたパートやアルバイトの勤務時間を、７月から１分単位に変更するそうです。
メディアにも出ていましたが、５分と１分で揉めていました。
若いアルバイトの方が、よく耳にする合同労組（ユニオン）に加入して、この問題に発展したようです。